Τα χρόνια της Βενετιάς
Μετά την τέταρτη σταυροφορία (1204 μ.Χ.) και την κατάλυση της βυζαντινής κυριαρχίας στην περιοχή, η Κρήτη δόθηκε στον Βονιφάτιο τον Μομφερρατικό. Αυτός αποφάσισε να την πωλήσει στους Ενετούς για 1000 ασημένια μάρκα. Το 1252 οι Ενετοί κατάφεραν να υποτάξουν τους Κρήτες επαναστάτες και η Βενετική Σύγκλητος με το διάταγμα της 29 Απριλίου 1252 (Γρηγοριανό ημερολόγιο) διατάσσουν τον Στρατιωτικό Διοικητή να καταλάβουν τη Δυτική Κρήτη και να ιδρύσουν νέα πόλη ή να ανοικοδομήσουν κάποια παλαιά. Τα Χανιά κατόπιν, όπως και όλη η Κρήτη άνθησαν ως εμπορικό κέντρο και ως αγροτική περιοχή.
Στην αρχή οι Ενετοί ήταν σκληροί και καταπιεστικοί, αλλά σιγά σιγά οι σχέσεις τους με τους ντόπιους θερμάνθηκαν. Η επαφή τους με τη Βενετία βοήθησε στο να αναμειχθούν οι δύο κουλτούρες, χωρίς όμως οι ντόπιοι να χάσουν τις ελληνοχριστιανικές τους παραδόσεις. Το όνομα της πόλης άλλαξε σε La Canea και οι βυζαντινές οχυρώσεις ενισχύθηκαν δίνοντας στα Χανιά τη σημερινή τους μορφή. Επίσης, μετά από την άλωση της Κωνσταντινούπολης από τους Οθωμανούς το 1453, αρκετοί ιερείς, μοναχοί, καλλιτέχνες και άνθρωποι των γραμμάτων βρήκαν καταφύγιο στην Κρήτη βοηθώντας στην πολιτιστική ενίσχυση του νησιού. Τα Χανιά, κατά την περίοδο αυτή, περιέχουν μείγμα βυζαντινού, ενετικού και κλασικού ελληνικού πολιτισμού.